Vznik českobudějovické katedrální kapituly souvisí se založením diecéze v roce 1785, kdy byl novému biskupovi určen za katedrální chrám dosavadní farní kostel sv. Mikuláše, při němž byla současně zřízena i katedrální kapitula. Iniciátorem této myšlenky byl rakouský císař Josef II., který již 5. prosince 1783 vydal dvorní dekret, v němž určil novému biskupovi město České Budějovice jako sídlo, ale také určil i počet členů katedrální kapituly a stanovil jejich hodnosti. Tvořili ji tři hodnostáři - preláti (probošt, děkan a kustod) a další čtyři sídelní kanovníci, jimž bylo dovoleno nosit na prsou zavěšený odznak, na jehož jedné straně byl monogram zakladatele Josefa II. a na straně druhé vyobrazení patrona sv. Mikuláše. Později (4. dubna 1884) dovolil papež Lev XIII. na žádost budějovického biskupa Františka Schönborna, aby byl odznak, vložený do rubínového emailového kříže s bílým okrajem, nošen už ne na stuze, jak tomu bylo doposud, ale zavěšený na zlatém řetězu. Kapitulní probošt a děkan obdrželi i tzv. právo pontifikálií (směli užívat mitru a berlu). V roce 1871 byli poprvé jmenováni i kanovníci čestní.
Členové kapituly tvořili poradní sbor biskupa a v průběhu let většina kanovníků působila jako vedoucí referátů biskupské konzistoře. Mnozí z nich vypomáhali v duchovní správě, působili v různých katolických spolcích, ale také na církevních školách jako pedagogové a inspektoři. Od padesátých let 20. století byla činnost kapituly vinou státních úřadů ochromena. Když v roce 1987 zůstali jen dva kanovníci, byla činnost kapituly jako právnické osoby pozastavena, avšak její kontinuita nebyla zcela přerušena. Jmenováním nových členů biskupem Mons. ThDr. Antonínem Liškou v roce 2000 obnovila kapitula opět svoji činnost.
Stanovy kapituly se v průběhu dějin několikrát upravovaly, aby lépe odpovídaly potřebám doby. Poslední úprava stanov byla provedena a schválena biskupem Mons. Jiřím Paďourem v únoru 2012 a řídí se ve své činnosti platným Kodexem církevního práva. Posláním kapituly je především vykonávat slavnostnější bohoslužby, udržovat a pečovat o důstojnost a slavnostní charakter liturgie, plnit povinnosti a úkoly, které jí určí diecézní biskup, jehož přímé autoritě kapitula podléhá, přičemž zůstává samostatnou právnickou osobou. Katedrální kapitulu tvoří kanovníci sídelní, emeritní a čestní. Podle poslední úpravy stanov jsou ze sídelních kanovníků voleni na sedmileté období tři dignitáři - preláti, tedy probošt, děkan a kustod.
V současné době tvoří katedrální kapitulu tito kanovníci:
