Území Diecéze o rozloze 12 500 km² přesahuje hranice Jihočeského kraje a zasahuje do krajů Vysočina, Plzeňského a Středočeského. Na území Diecéze žije cca 670 000 obyvatel.
Diecéze se dělí na 241 farností. Farnosti zřizuje, mění i ruší biskup. Farnost je právnickou osobou, jejímž statutárním orgánem je farář, resp. administrátor.
K podpoře pastorační péče se sousední farnosti spojily do deseti okrskových vikariátů v čele s okrskovým vikářem: České Budějovice-město, České Budějovice-venkov, Český Krumlov, Jindřichův Hradec, Pelhřimov, Písek, Prachatice, Strakonice, Sušice-Nepomuk, Tábor.